琼库什台村坐落于中天山南麓山脚下琼库什台地,位于特克斯县南侧的河谷阶地之上,海拔约1970米,四面环山,属天山北麓西部特昭盆地东端,南部边界为南天山主脊,北部为阿拉哈尔山及也什克力克山南坡,是中天山的边缘部分,地貌为侵蚀构造中高山,总体地势南高北低。琼库什台村处于逆温带控制区,是典型的北温带大陆性气候,年平均气温为5.3℃,年平均降水量在600毫米以上。
琼库什台村是牧民冬夏牧场转场的重要驿站、乌孙古道的北入口,有乌孙古道、天堂湖等景点。2010年,琼库什台村获住房和城乡建设部、国家文物局授予第五批“中国历史文化名村”荣誉称号。2017年,琼库什台村被评为“中国少数民族特色村寨”。2019年7月,琼库什台村入选首批全国乡村旅游重点村名单。